第二次發掘（1929年3月7日至5月10日）
　　李濟正式主持殷墟發掘工作，針對小屯村中廟前及村北兩處，開坑43個，面積約280平方公尺，獲有字甲骨684版，並得大批陶器、陶片、獸骨、銅器以及其他各種遺物。這次發掘開始注意到地層的劃分和對灰坑、墓葬等遺跡現象的考察。

第三次發掘（1929年10月17日至21日；11月15日至12月12日）
　　李濟主持發掘工作，在小屯村北和西北，開探坑118個，面積約800平方公尺。 遺跡有墓葬30座，灰坑15處，有字甲骨300餘片（包括大龜四版、牛頭刻辭、鹿頭刻辭）、銅器、陶器（彩陶、釉陶、白陶片）、骨器、石器。此次發掘採用開縱橫探溝的方法以了解地層情況，在村西發現殷代文化層推積，李濟認為殷墟的範圍，實超出小屯村地界以外。

第四次發掘（1931年3月21日至5月12日）
此次發掘地點有：小屯村北、四盤磨、後岡。
一、 小屯村北（1931年3月21日至5月11日）
　　由李濟、梁思永、郭寶鈞、董作賓等人負責發掘工作，開始將小屯遺址分為ABCDE等五區，開探溝175個，佔地約1,400餘平方公尺。發掘出有字甲骨781片、青銅武器、陶器、鑄銅陶範、骨牙、玉石器、蚌器、獸骨（E10坑出土鹿頭刻辭、虎頭骨、象牙床、鯨肩胛骨、牛骨、鹿骨），以及版築基址、房子、灰坑和墓葬18座。其中象骨和鯨魚骨的發現對研究商代動物群和當時的氣候、交通和生態環境有重要意義。
二、四盤磨（1931年4月16日至30日）
　　由吳金鼎、李光宇負責發掘工作，開探溝21處，面積約100平方公尺，發掘了灰坑、墓葬，遺物以陶、骨、石器為多。
三、後岡（1931年4月16日至5月12日）
　　由梁思永、吳金鼎負責發掘工作，開坑25個，面積約216平方公尺。出土字骨1片（此為小屯以外地區第一次發現甲骨），遺物有龍山期的盆、罐、骨器、石器及小屯期之灰陶和字骨，並有仰韶期之陶、石器等物。後岡發掘，發現商代、龍山文化和仰韶文化直接疊壓的地層關係，確立彼此的時代序列。

第五次發掘（1931年11月7日至12月19日）
發掘地點有二處：小屯、後岡
一、小屯村發掘（1931年11月7日至12月19日）
　　由董作賓、郭寶鈞、石璋如負責，工作地帶分三區，開坑93個，佔地約818平方公尺。首次發現版築基址疊壓大圓坑的地層關係，發掘有字甲骨381片、房基、窖穴及9座墓葬。
二、後岡發掘 （1931年11月10日至12月4日）
　　由梁思永、劉燿負責，工作地帶分三區，開探坑20個，面積約385平方公尺。地層的堆積由上而下，小屯、龍山與仰韶三期文化層疊壓現象甚為清晰。

第六次發掘（1932年4月1日至5月31日）
發掘地點有：小屯、高井臺子、王裕口及霍家小莊
一、小屯 （1932年4月1日至5月31日）
　　由董作賓、李光宇、劉嶼霞、石璋如負責，開探坑93個，面積約818平方公尺，發掘出版築基址，版築基址上有三座門及排列整齊的柱礎石，學者推定為宮殿遺跡。
二、高井臺子（1932年4月8日至16日）
　　工作地帶在侯家莊西北靠近洹河之左岸，由吳金鼎、王湘負責，開坑34個，面積約300平方公尺。再度發現商代、龍山文化和仰韶文化層相疊壓的現象。
三、王裕口及霍家小莊（1932年4月14日至5月10日）
　　發掘者為李濟、吳金鼎，工作地帶在王裕口之北，霍家小莊之東。開坑凡9個，佔地約116平方公尺，遺跡有居住遺址及墓葬兩種。

第七次發掘（1932年10月19日至12月15日）
　　繼續在小屯村北的ABCE四區工作，由董作賓、石璋如、李光宇發掘，開坑199個，面積約1,600餘平方公尺。發掘多座版築基址、墓葬16座、房子、窖穴， E181為本區最重要之發現，其中龜版堆積成層。本次發掘窖穴32處，墓葬16處，遺物除陶片、獸骨外，以鹿角為最多，有字甲骨約258片，另有墨書白陶殘片，上有「祀」字，此為本次最珍貴的發現。

第十四次發掘（1936年9月20日至12月31日）
工作地點有小屯村北CI兩區、大司空村
一、小屯村北CI兩區（1936年9月20日至12月31日）
　　工作人員有梁思永、石璋如、尹煥章、高去尋、潘愨、王湘，開坑60處，面積3,950平方公尺，遺跡則有基址26處、灰坑122個、墓葬132座（含祭祀坑）及水溝。
二、大司空村（1936年10月24日至12月10日）
　　高去尋負責，開坑36處，面積1,100平方公尺。遺跡有窖穴29處、商代及戰國小墓91座。